Twaalf jaar na zijn overwinning op Huis Harkonnen en hij als Muad’Dib verder door het leven gaat, regeert Paul Atreides als keizer vanaf de woestijnplaneet Arrakis. Zijn overwinning kent echter grote gevolgen in de vorm van een heilige oorlog waarbij reeds miljarden levens zijn verloren. Ondanks zijn status als machtigste keizer uit de geschiedenis staat Paul Atreides hulpeloos om een einde te maken aan de gevechten. Terwijl de zaken escaleren, wordt hij gedwongen te kiezen tussen zijn troon, zijn geliefde Chani, zijn volk, zijn toekomst en het lot van het hele universum.