Na de gebeurtenissen in ‘Godzilla vs. Kong’ zijn de twee titanen op vriendschappelijke wijze hun eigen weg gegaan. De almachtige en angstaanjagende wezens moeten het echter opnemen tegen een kolossale, onontdekte bedreiging die verborgen ligt in de holle aarde: de Scar King. Het oeroude beest, dat in staat is om de energie uit de holle aarde naar zijn hand te zetten, stelt hun levens en die van de mensheid op de proef. Terwijl de mythische strijd plaatsvindt, ontdekt men meer over de oorsprong van Godzilla en Kong, evenals de mysteries van Skull Island en daarbuiten.