Ghost in the Shell’ volgt een unieke hybride cyborg, bekend als de Major, die leiding geeft aan de politie-eenheid Task Force Section 9. Deze eenheid heeft als doel de meest gevaarlijke criminelen en extremisten uit te schakelen. Ze worden vervolgens geconfronteerd met een vijand die het gemunt heeft op Hanka Robotic’s cybertechnologie en deze probeert te vernietigen.